Suurin munniharppuun liittyvä ongelma on ehdottomasti instrumentin käyttöikä. Vaikka soitinta huoltaisi kuinka hyvin, kieli katkeaa lopulta. Uusia kieliä ei saa mistään ja vaikka harpussa kieli olisi esim. kiinnitetty ruuvilla mahdollistaen uuden kielen kiinnittämisen, käytännössä harppu on entinen. Munniharppuharrastajan on pakko tottua ns. välineurheiluun myös rahallisesti, sillä hyvät harput eivät ole halpoja ja niiden käyttöikä voi olla ainoastaan muutaman kuukauden. Tämä on monesti todella ikävää soittajan kannalta, koska vaikka harppuja saa nykyisin helposti hankittua, ne soivat aina eri tavalla ja muusikolle tyypillisesti muodostuva lempisoitin dilemma joutaa romukoppaan. Ainoa mahdollisuus kielen katketessa on siis ostaa uusi vastaava munniharppu, mikä ei ole kovinkaan helppoa, jos harppu on esim. hankittu ulkomailta suoraan tekijältä.
Paljon munniharppua soittavalle optimaalisin tapa ratkaista soittimien hävikki, on opetella tekemään niitä itse. Ongelmia tuottaa kuitenkin se, että vaikka perus työkaluilla pystyy tekemään jonkin asteista jälkeä, ilman ahjoa ja työpajaa on hyvin vaikeaa saada aikaan laadukkaita munniharppuja ja kieliä. Ahjoja ei ole kovin monella ja ne maksavat paljon. Samalla viivalla on toinen yleisesti käytetty valmistustapa valaminen, jossa kehys valetaan muotilla esim. messingistä. Näin ollen edellä mainitut tavat valmistaa munniharppu ovat pääsääntöisesti vain hyvin harvojen ihmisten, etenkin seppien etuoikeus.
Munniharppu on hiljainen soitin ja siksi akustisessa yhtyesoitossa ääni helposti hukkuu muiden soittimien alle. Tällöin muiden soittajien tulee joko soittaa hiljaisemmin tai sitten valita soittimet, joiden ääni on luonnostaan hiljainen. Esimerkiksi bändissä, jossa on monta viulua, ei munniharppu välttämättä kuulu ollenkaan. Toisaalta soittimen äänen ollessa omalaatuinen, ns. perusääni kuuluu helposti kaikkien soittimien yli. Pelkässä rytmisoitossa ei siis ole niin paljon väliä, onko yhtyeissä kovaäänisiä soittimia. Ylä-äänet kuitenkin hukkuvat aina, joten mikäli munniharpulla aikoo soittaa bändissä melodiaa, ääni on jotenkin vahvistettava niin, että ylä-äänet kuuluvat. Laulu- eli dynaaminen mikrofoni soveltuu tähän tarkoitukseen hyvin, mutta vielä parempi on studio- eli kondensaattorimikrofoni, koska laulumikrofonia käytettäessä, kasvot täytyy laittaa hyvin lähelle mikrofonin kalvoa. Tätä ongelmaa ei studiomikrofonin kohdalla ole, vaan soittaja voi esim. vapaasti liikkua mikrofonin edessä.
