Koska munniharppu on jatkuvasti kosketuksissa suun kanssa, on tärkeää aina pyyhkiä soitin kuivaksi soiton jälkeen. Mikäli tämä jää tekemättä, harpun kehys ja kieli ruostuvat käyttöikää laskien. Öljyäminen esim. tavallisella ruokaöljyllä on myös toisinaan suositeltavaa, mikäli soittimen haluaa kestävän pitkään. Säilyttäminen tulisi tehdä niin, ettei harppu pääse kosketuksiin toisten harppujen kanssa. Kielen pään tulisi olla suojassa siten, ettei se pääse vääntymään. Munniharppua varten voi tehdä helposti eräänlaisen telineen suurin piirtein harpun kokoisesta palasta puuta, johon on tehty toiseen päähän reikä. Soitin asetetaan telineeseen siten, että kielen pää laitetaan reikään. Harpun ja puun ympärille kiedotaan tämän jälkeen kuminauha tai naru, pitämään harppu telineessä.